Asignar al trabajador un porcentaje de IRPF distinto al calculado por el programa

Sí, lo hará en la ficha del trabajador.
Vaya a “Introducir datos” en menú general, y después a “Trabajadores”, seleccione el deseado y vaya a la pestaña “ECONOM”, e introduzca el porcentaje en el campo Porcentaje I.R.P.F fijo.
También puede asignarle un porcentaje “Cero”.
RECUERDE QUE LA EMPRESA ES RESPONSABLE DE APLICAR EL PORCENTAJE CORRECTO, NUNCA DEBE APLICARSE UN TIPO INFERIOR.